La Commission d'éthique est née en 1996 suite à un vœu voté par le Synode de l’UEEL de 1995. Elle est initialement le fruit de l’initiative et de la collaboration de deux unions : l’Union des Églises évangéliques libres (UEEL) et la Fédération des Églises évangéliques baptistes de France (FEEBF). Elle s’appelait « commission libro-baptiste » (CELB). Elle s’est créée comme un pôle de réflexion évangélique au sein de la Fédération protestante de France (FPF) pour contribuer au débat protestant sur les questions d’éthique.
Elle s’est ensuite étendue pour représenter plus largement le monde évangélique en s'appelant « Commission d’éthique protestante évangélique » (CEPE). Depuis la création du Conseil national des évangéliques de France (CNEF), elle en est partenaire.
Depuis l'automne 2025, la CEPE est désormais à part entière la Commission d'éthique du CNEF.
